A águia-imperial-ibérica em voo pode por vezes ser confundida com outras aves de rapina. A observação atenta da forma da silhueta é muito importante para uma correta identificação.
1) Águia-imperial-ibérica (Aquila adalberti)
Águia muito grande, caracteriza-se pelas asas longas e uniformemente largas e cauda relativamente curta. Cabeça e bico maciços, mais imponentes que na águia-real. Plana com as asas retas, por vezes apenas com a ponta ligeiramente subida.
2) Águia-real (Aquila chrysaetos)
É a maior águia que ocorre em toda a Península Ibérica e caracteriza-se pelas asas longas mais estreitas na base e na parte interior da “mão” (e não retas como na águia-imperial), e pela cauda comprida (mais comprida que a da águia-imperial), o que lhe confere uma silhueta algo distinta da águia-imperial. Plana com as asas ligeiramente subidas formando um ligeiro V.
3) Águia de Bonelli (Aquila fasciata)
Águia de dimensão média a grande, caracteriza-se pelas asas largas, mais largas na zona central, e a cauda direita bastante comprida e quadrada. Plana com as asas retas e geralmente os "dedos" são menos evidentes que nas duas espécies de maior porte.
4) Abutre-preto (Aegypius monachus)
É a maior ave de rapina da Europa e caracteriza-se pelas asas longas e uniformemente largas (mais largas que nas águias), “dedos” compridos e cabeça e cauda curtas. Plana com as asas ligeiramente arcadas para baixo.
5) Grifo (Gyps fulvus)
Abutre de grandes dimensões, caracteriza-se pelas asas longas e muito largas, com o “braço” mais largo que a “mão”, e a cauda curta e arredondada. Plana com as asas ligeiramente levantadas, formando um ligeiro V.
6) Abutre-do-Egipto (Neophron percnopterus)
Abutre de dimensão média-grande, caracteriza-se pela cabeça pequena com o bico estreito e comprido, as asas longas com “dedos” proeminentes e a cauda longa em forma de cunha. Plana com as asas retas.
A plumagem da águia-imperial atravessa seis distintas fases até atingir a coloração final, de adulto.
Nos primeiros meses de vida, o "Juvenil" apresenta uma coloração avermelhada, em tons de ferrugem.
A plumagem vai depois sofrendo desgaste e descoloração por ação do sol e da abrasão física, adquirindo um tom amarelado/dourado, semelhante à cor da palha, pelo que é utilizado o termo “Palhiço” para descrever esta fase. Os “palhiços” mais avançados começam gradualmente a substituir as penas do corpo, cabeça, pescoço e coberturas alares por penas novas, de tom alaranjado, notando-se tonalidades distintas nas zonas mais claras destas aves.
Posteriormente, começam a adquirir penas novas, castanhas escuras, que se destacam da matriz de cor amarela clara, pelo que as aves adquirem um aspeto axadrezado, sendo por isso utilizado o termo “Xadrez”. Quando ainda apresentam menos de 50% de penas escuras, denomina-se “Xadrez claro”. Nesta altura apresentam já muda nas penas de voo (remiges) e em algumas retrizes.
Quando a plumagem passa a ter mais de 50% de penas escuras, passa a designar-se “Xadrez escuro”. Nesta plumagem podem por vezes ver-se já algumas penas de adulto na zona central da cauda.
O "Sub-adulto" (ou “adulto imperfeito”) caracteriza-se por apresentar uma plumagem castanho-escura praticamente negra, muito similar à dos adultos, embora ainda com alguns vestígios (de tons claros) da plumagem anterior; já possuem os ombros brancos bem visíveis. A cauda apresenta o padrão dos adultos, sendo de cor cinzenta com barra terminal larga de cor preta.
A plumagem definitiva de "Adulto" é praticamente negra, com as penas da parte posterior da cabeça e nuca douradas. Um bordo branco, de dimensão muito variável, delimita as asas a partir dos ombros e/ou zona escapular. A base da cauda é cinzenta clara com uma barra terminal larga de cor preta. O bordo branco característico desta espécie apresenta uma forma única em cada ave, invariável ao longo do tempo, permitindo a identificação individual de cada exemplar. Em casos raros, este bordo pode não ocorrer.
