O abate a tiro é um importante fator de mortalidade não natural para esta espécie, particularmente em locais e períodos de elevada pressão cinegética, mas também em situações de perseguição direta e intencional. Esta ameaça decorre principalmente da noção ainda existente de que pode ser um predador nocivo para as espécies cinegéticas motivando o controlo ilegal de predadores, evidenciando um desrespeito pelos valores naturais.
Dada a reduzida população da espécie em Portugal, o abate de um indivíduo representa uma perda significativa da população. Para o período entre 2003 e 2019, o LIFE Imperial reuniu informação sobre dois indivíduos de águia-imperial abatidos a tiro, um em 2009 e outro em 2016. Estes casos representam 7% dos casos de mortalidade de águia-imperial identificados em Portugal no período entre dezembro de 2003 e dezembro de 2019 (n=28).
Em 2009 foi abatido um sub-adulto de águia-imperial-ibérica na ZPE de Castro Verde. Neste caso, a morte de um macho reprodutor pertencente a um casal seguro levou ao abandono do território por parte da fêmea, tendo ficado esse território vazio, representando assim uma perda muito relevante para a população reprodutora da espécie no nosso país.