A reduzida dimensão da população de águia-imperial-ibérica em Portugal faz com que quaisquer fatores de ameaça sobre a espécie tenham um elevado impacte e limitem a sua expansão demográfica. O Projeto LIFE Imperial pretende atuar para reduzir as principais ameaças que afetam o estabelecimento dos casais no nosso país.
As ameaças mais importantes para a espécie são a eletrocussão em linhas de transporte de energia elétrica, o uso ilegal de venenos, o abate a tiro, a perda e degradação de habitat, a escassez de recursos tróficos, nomeadamente o declínio das populações de coelho-bravo, e a perturbação nas áreas de nidificação.
O desaparecimento e substituição de indivíduos de casais reprodutores é um fenómeno frequente em Portugal e decorre essencialmente de mortalidade não natural causada por estes fatores de ameaça. Para além do impacte direto na espécie devido à morte dos indivíduos reprodutores, a substituição daqueles por elementos imaturos poderá limitar a capacidade reprodutiva do casal.
