A águia-imperial-ibérica apenas prospera e se reproduz bem em áreas com elevada densidade de presas. É assim um bom indicador de áreas ecologicamente equilibradas e com uma boa gestão, onde ocorrem densidades elevadas das suas principais presas, nomeadamente lagomorfos, aves de médio porte e répteis.
O coelho-bravo, a principal presa da águia-imperial, tem sofrido um acentuado declínio provocado por doenças (mixomatose e febre hemorrágica) e por casos de gestão cinegética incorreta, nomeadamente quando ocorre uma sobreexploração das suas populações.
A redução dos efetivos populacionais das suas presas, em particular do coelho-bravo, do qual está fortemente dependente, condiciona diretamente a distribuição da águia-imperial, limitando as possibilidades de escolha do habitat de alimentação. Para além disso, o sucesso reprodutor dos casais é também afetado pela dificuldade em se alimentarem devidamente e em alimentar as crias, levando à ocorrência de casos de cainísmo (quando a cria mais velha ataca a(s) cria(s) mais nova(s) devido à escassez de alimento, acabando geralmente esta(s) por morrer), ou de morte de crias por inanição. Em situações mais extremas, os casais podem não se reproduzir e mesmo abandonar os territórios.
