Os adultos reprodutores são residentes, mantendo-se normalmente no território ao longo de todo o ano. Os juvenis e imaturos, que constituem a maior parte da população em território nacional, efetuam movimentos dispersivos, frequentando áreas ricas em alimento (áreas de assentamento) ao longo dos primeiros anos de vida. A formação de casais reprodutores pode acontecer a partir dos 3 anos de idade tendo, em casos muito excepcionais, sido registada a nidificação de águias com apenas 2 anos.
As águias-imperiais ocupam extensos territórios, que podem chegar aos 4000 hectares, escolhidos em função da disponibilidade de alimento e da localização das principais áreas de caça.
Sendo um predador de topo, a presença da espécie limita a abundância de predadores generalistas (outras aves de rapina de médio porte, corvídeos e também mamíferos carnívoros de pequeno porte).
Fortemente territoriais, os casais defendem os seus territórios de potenciais competidores, realizando voos picados e emitindo fortes vocalizações, e atacando-os efetivamente quando esses sinais de dissuasão não são eficazes. A sua vocalização é idêntica a latidos (“owk-owk-owk”) algo semelhantes aos do corvo.
Esta espécie captura a maioria das suas presas no solo, passando grande parte do tempo em pontos de observação ou a planar em busca de alimento. A sua preferência por zonas com elevada abundância de coelho-bravo tem sido sugerida como um fator limitante ao desenvolvimento populacional da espécie.
